С 1961 по 1980 гг. работала в научно-исследовательском институте им. И. Алтынсарина.

С 1980 года работает в Казахском государственном женском педагогическом институте.

С 1984 по 2000 годы декан факультета дошкольного воспитания.

С 2000 года заведующая кафедрой дошкольного воспитания и начального обучения.

С сентября 2010 года профессор кафедры методики дошкольного и начального обучения.

Направление научной деятельности К.А. Аймагамбетовой - создание учебников и учебно-методических пособий для начальных классов, а также  учебников и и учебно -методических комплексов для студентов по специальности 050102 «Педагогика и методика начального обучения».
Всю педагогическую деятельность посвятила проблемам учебно-воспитательной работы в начальных классах, имеет более 200 научных трудов.

С 1968 года является бессменным автором учебников по природоведению на казахском, русском, уйгурском языках для начальных классов общеобразовательных школ,  в том числе, первым автором  учебника "Природоведение", изданного на казахском языке в 1968 году. Учебник  «Природоведение» для 2 класса в течение нескольких лет был выставлен на ВДНХ СССР в разделе «Образование». Ее учебниками  «Познание мира» более 40 лет пользуются казахские, русские и уйгурские классы начальной школы Казахстана.

С 1996 года К. Аймагамбетова  одна из  авторов - создателей учебников нового поколения по предмету «Познание мира», за что в числе семи ведущих авторов была приглашена на прием к Первому Президенту РК Н.А. Назарбаеву в 1997 году. Она систематически ведет работу с учителями сельских школ регионов республики, оказывая методическую помощь по апробации учебников нового поколения,  12-летней школы.

В настоящее время в связи с реформированием национальной системы образования и вхождением Казахстана в мировое образовательное пространство, К. Аймагамбетова  возглавила группу авторов по созданию обязательного Государственного  Стандарта образования по высшей школе, дошкольному и начальному образованию. Под ее руководством созданы программы, учебники, учебно-методические комплексы по начальному образованию. Вышли в свет пробные учебники и учебно-методические комплексы по предмету «Окружающий мир» для  1-4 классов 12-летней школы.